1896. augusztus 28-án született Csíkszentdomokoson, az erdélyi katolikus egyház püspöke.
Elemi iskolába szülőfalujába, a Római Katolikus Elemi Népiskolába (1903–1906) járt. Középiskolai tanulmányait előbb a csíksomlyói Katolikus Gimnáziumban (1907–1911), a csíkszeredai főgimnáziumban (1911–1914), majd a gyulafehérvári kisszemináriumban (1914–1915) végezte. Itt érettségizett 1915. június 12-én.
Három nappal később, június 15-én harctéri szolgálatra kapott katonai behívót. Először a székelyudvarhelyi 82-es gyalogezred közkatonája volt, majd tizedes és hadapród-jelölt lett. Még ugyanazon év októberétől 1916 júniusáig Doberdónál teljesített harctéri szolgálatot. 1916 nyarán Nagyszebenben tisztiiskolai kiképzésben részesült, utána pedig ismét a frontra vezényelték. Több, mint egy éves (1916 szeptemberétől 1917 decemberéig) Ojtozi-szorosbeli frontszolgálat után Asiagóban harcolt. Négyszer sebesült. A háború befejeztével hazatért, s önálló gazdálkodásba fogott, majd rövid ideig a Brassóban lévő Schiel gyár vasesztergályosként alkalmazta, de a gyár szász nemzetiségű igazgatója hamar elbocsátotta, mivel nem volt szász. Ezt követően visszatért Csíkszentdomokosra, ahol rövid hezitálás után rájött, hogy őt Isten más munkára, mégpedig népének szolgálatára szánta. 1920 őszén – egy kicsit megkésve – jelentkezett a Gyulafehérvári Papneveldébe. Határozottságával és kiegyensúlyozott életvitelével hamar kitűnt szemináriumbeli társai közül és tanárai is csak jó szavakkal illették őt.
Teológiai tanulmányait befejezve, 1924. április 19-én Majláth Gusztáv Károly erdélyi püspök diakónussá, július 6-án pedig pappá szentelte Gyulafehérvárott. Első szentmiséjét szülőfalujában mutatta be. Ezt követően Ditróban, majd 1925-től Gyergyószentmiklóson volt káplán. 1926-tól a gyergyószentmiklósi Állami Főgimnáziumban, 1928-tól a marosvásárhelyi Katolikus Főgimnáziumban hittanár, és a fiúnevelde igazgató-helyetteseként tevékenykedett. 1929. július 1-jén plébánosi kinevezést kapott Verestoronyra és a nagyszebeni Szent Teréz árvaházban tanulmányi felügyelő lett. 1930-1932-ben udvari káplán és püspöki levéltáros volt Gyulafehérvárott. 1932-től püspöki titkárként, az Erdélyi Római Katolikus Népszövetség egyetemi szakosztályának vezetőjeként, valamint egyetemi lelkész és hitszónokként tevékenykedett Kolozsvárott.
XI. Piusz pápa 1938. december 24-én gyulafehérvári püspökké nevezte ki Márton Áront. A következő évben, február 12-én szentelték föl.
1938. novemberi beszédében, mely az Erdélyi Iskola hasábjain nyomtatásban is megjelent, elsők között tiltakozott a háború ellen. 1944. május 18-án Kolozsváron, a Szent Mihály-templomban mondott beszédében a püspök bátran felemelte szavát a zsidók deportálása ellen, az akkori észak-erdélyi magyar polgári hatóság jelenlétében. Május 22-én levélben szólította fel a miniszterelnököt, a belügyminisztert, a főispáni hivatalt és a rendőrkapitányságot, hogy akadályozzák meg a zsidók elhurcolását. Válaszul Kolozsvár rendőrkapitánya kiutasította a városból. Kiállása miatt 1999. december 27-én a jeruzsálemi Jad Vasem Intézet a „Világ Igaza” címet adományozta a püspöknek. A post-mortem kitüntetést a bukaresti izraeli nagykövet 2000. június 20-án adta át Jakubinyi György érseknek.
1945 májusában XII. Piusz pápa Serédi hercegprímás halála után Márton Áront kívánta bíborossá kreálni, azonban Rákosi Mátyás heves tiltakozása miatt végül Mindszenty Józsefet választotta. Rákosi Mátyás ugyanis tudta: Márton Áron nagy tudású, karizmatikus egyéniség. A kommunisták sokkal jobban tartottak tőle, mint az addigi, közismerten antifasiszta veszprémi püspöktől. Így Márton Áron otthon maradt Erdélyben, ahol a magyar kisebbség jogaiért és a vallás- és a lelkiismereti szabadságért harcolt. Az egyre erősödő kommunista és ateista rendszer szerette volna a vallást mielőbb felszámolni Romániában. Hét másik püspöktársával 1948. március 19-én közös levelet intézett a román minisztériumhoz az alkotmány-tervezetben felfedezett ellentmondások miatt, a lelkiismereti- és vallásszabadságot illetően. Levelükben kérték a vallásszabadság kiterjesztését a Romániában gyakorolt összes vallásra, a vallásoktatás biztosítását minden fokú és jellegű iskolában, valamint a vallásgondozás lehetőségét a hívek számára a hadseregben, katonai kórházakban, árvaházakban és fogházakban.
1948 tavaszán Márton Áron Felcsíkon volt bérmaúton. A gyimesi hívek egy fehér lovat ajándékoztak neki, s a püspök, fiatal férfiak vezetésével lóháton vonult be Csíksomlyóra, amit az állami hatóság lefilmezett. A püspök a búcsú után, régi szokás szerint, részt vett a székelyudvarhelyi úrnapi körmenetben. Az állami szervek tervbe vették Márton Áron letartóztatását Székelyudvarhely és Segesvár között. A sofőrje mezei és hegyi utakon vitte haza Gyulafehérvárra a püspököt, s mire a hatósági szervek észbekaptak, a püspök már otthon volt. A püspöki palotát ezután állandó megfigyelés alatt tartották. 1948. június 21-én, a püspöki iroda akkori helyettesével, Ferenc Benjáminnal együtt taxit rendeltek, hogy elvitessék magukat Tövisre a vasútállomásra, ahonnan vonattal akartak tovább utazni Bukarestbe. Félúton a sofőr megállt, s motorhibát színlelt. Röviddel ezután „éppen arra jött egy másik autó” – civilruhás rendőrökkel. Ezek „készségesen” felajánlották autójukat a püspöknek. Miután elindultak, a hatósági személyek felmutatták igazolványukat, s kijelentették, hogy parancsuk van letartóztatására. Szemét bekötötték és figyelmeztették, hogy nem kérdezhet semmit, kérdéseket csakis nekik van joguk feltenni. Amikor az autó megállt, kiszálltak valamennyien, majd levették szeméről a kendőt. Az épületekről, a tornyokról és a zárt udvarról a püspök könnyen ráismert Nagyszebenre. Egy zárt helyiségben gúnyos megjegyzések közepette vallatni kezdték, de ahogy ezt később maga is mesélte, testileg nem bántalmazták.
Márton Áront, 25 éves papi jubileumára, XII. Piusz pápa címzetes érsekké nevezte ki. A körülményeket tekintve ésszerűbbnek tartották, hogy ezt se Gyulafehérvárott, se másutt ne tegyék közzé. A rákövetkező évben azonban már mint érsek szerepelt a pápai évkönyvben, s ennek alapján több levél érkezett a püspöki irodába ilyen címzéssel.
Márton Áron minderről akkor már semmit sem tudott. Először vizsgálati fogságba került, ami kb. 3 évig tartott. Ez alatt az idő alatt többször vitték át egyik börtönből a másikba. Volt a piteşti, a nagyenyedi és a máramarosszigeti börtönökben. A bukaresti katonai törvényszék 1951. július 13-án életfogytiglani börtönbüntetésre ítélte. Márton Áron helyzete idővel valamelyest javult. Groza miniszterelnök pozíciójának erősödésével közbe tudott járni, hogy enyhítsenek a püspök börtöni körülményein. Ennek következtében a bukaresti fogházból áthelyezték Bukarest külvárosába egy volt bojár villájába, ahol ugyan állandó őrizet és megfigyelés alatt tartották, de zárkáját már nem kellett mással megosztania. Másokkal csak akkor került kapcsolatba, amikor egy ablakon át beadták neki az ételt. Tény azonban, hogy sorsa könnyebbre fordult. Ezt bizonyítja az is, hogy a fogság ötödik éve után visszakapta imakönyvét, a breviáriumot, s emellett szellemi, spirituális igényeit is jobban kielégíthette. 1955. február 2-án, Gyertyaszentelő Boldogasszony ünnepén Márton Áron püspök szabadlábra került. Szabadulás után a bukaresti érsekségen egy hónapot kellett tartózkodnia, hogy megerősödjön egy kicsit. Az állam ugyanis nem akarta, hogy megviselt állapotban lépjen a nyilvánosság elé. A gyulafehérvári püspökségre 1955. március 24-én érkezett vissza.
Újrakezdte pasztorális tevékenységét, bérmautakat szervezett, hogy meglátogathassa egyházmegyéje híveit. Egyesek úgy emlékeznek vissza, mint valóságos diadalutakra, a nép ugyanis lelkesen ünnepelte börtönből kiszabadult püspökét. Népszerűsége végül is annyira zavarta az állami hatóságokat, hogy kiszabadulása után egy évvel háziőrizetre ítélték. Az 1956-os bérmaút után behívták a gyulafehérvári rendőrségre, ahol „quasi” vádlottként egy többtagú bizottság hallgatta ki. Igazolványát elvették, majd közölték vele, hogy megvonják tőle működési engedélyét, mert jelenléte „zavart keltett az emberek között”. Megtiltották neki, hogy elhagyja a püspöki palotát, s ezáltal leszűkítették mozgáskörét a püspöki székházra, az udvarra, a kertre és a székesegyházra. Azt sem engedélyezték, hogy átmehessen a papnevelő intézetbe. Ezzel megkezdődött Márton Áron „palotafogsága”, mely tizenegy évig tartott (1956–1967-ig). A tilalom által nem szakadt meg teljesen kapcsolata híveivel, szabad volt ugyanis látogatókat fogadnia.
A II. Vatikáni Zsinat idején a kormány felszólította, hogy menjen el Rómába és vegyen részt a zsinaton. Márton Áron azzal utasította vissza ezt a felszólítást, hogy amíg fel nem oldják kényszerlakhelyét, addig nem megy külföldre. Attól tartott ugyanis, hogy ilyen módon szeretnének megszabadulni tőle. Márton püspök palotafogságának feloldása kapcsolatban volt König bécsi bíboros látogatásával, aki a román ortodox egyház, illetve a bukaresti pátriárka meghívására érkezett Romániába. Curtea de Argeşben 450 éves jubileumát ünnepelte az ortodox kolostor és kegyhely. König bíboros azzal a kikötéssel fogadta el a meghívást, hogy találkozhasson Erdély püspökével, Márton Áronnal is.
Márton Áron 1967. augusztus 11-én meghívást kapott Jusztinián bukaresti pátriárkától a Curtea de Argeş-i ünnepségekre. Először vonakodott, azután mégis elfogadta a meghívást. Október 20-án egyik papja, Jakab Antal társaságában – aki egyetemi társa volt – Márton püspök beszélgetést folytatott Dogaru igazgatóval Bukarestben. Dogaru akkor a személyi ügyek kedvező és gyors elintézését ígérte neki. 1967. november 19-én König bíboros fogadására a repülőtéren megjelent Jusztinián pátriárka. Márton Áron is kapott értesítést, s Jakab Antal társaságában szintén megjelentek. Miután König bíboros megérkezett, a repülőgép lejáratánál francia nyelven köszöntötte őt az Egyházügyi Hivatal képviselője. Bemutatták neki Márton Áront is. A repülőtér dísztermében frissítővel egybekötött közvetlen beszélgetés folyt Jusztinián pátriárka, Márton püspök és König bíboros között. Mivel a bíboros a pátriárka vendége volt, ezért az ő házában is volt egy rövid fogadás. Márton Áron a bukaresti érsekségen szállt meg. A következő nap délután König bíboros ellátogatott a bukaresti érsekségre is, ahol hosszas beszélgetést folytatott Márton Áronnal. Másnap délben pedig az osztrák követség adott ebédet a bíboros tiszteletére, amelyre Márton Áront is meghívták. Még aznap értesítették Márton püspököt az érsekségen, hogy november 22-én délelőtt 10 órakor jelenjen meg az Egyházügyi Hivatalban. Dogaru igazgató fogadta, és együtt jelentkeztek Emil Bodnăraşnál, a román Államtanács elnökhelyettesénél. Bodnăraş közölte vele, hogy a kényszerlakhelyre vonatkozó intézkedést azonnali hatállyal feloldották, s ezentúl szabadon mozoghat.
Annak ellenére, hogy Márton Áron szabadon járhatott-kelhetett, hívei a bérmautak alatt aggodalommal kísérték, nem bíztak az állami szervek őszinteségében. Jó példa erre az 1969-i felcsíki bérmaút, ahol spontán „testőrgárdákat” szerveztek védelmére. Ezek kísérték a püspököt, szálláshelyein pedig őröket állítottak a ház köré. Ez alatt a bérmaút alatt találkozott utoljára Csíkszentdomokoson idős édesapjával.
Márton Áront halála előtt néhány hónappal, 1980. április 2-án, püspöki működésének 42. évében II. János Pál pápa felmentette az egyházmegye kormányzása alól, mert ezt az idős főpap, egészségi állapotára való tekintettel, már harmadszor kérte. 1980. szeptember 29-én sok szenvedés után, életének 84. évében hunyt el. Temetését Dr. Lékai László bíboros végezte, Dr. Jakab Antal megyéspüspök, Bálint Lajos segédpüspök , Mons. dr. Hosszú László nagyváradi ordinárius és több püspök és ordinárius jelenlétében.
Temetésén több mint tízezren gyűltek össze a gyulafehérvári székesegyházban. Emberi nagyságát, méltóságát szellemi hagyatéka őrzi. Csíkszeredán róla nevezték el a Római Katolikus (a kommunista időben Matematika-Fizika) Főgimnáziumot, ahol tanult. Jelenleg folyik boldoggá avatása.