Az 1989-ben Romániában bekövetkezett rendszerváltásig a székely autonómia kérdése a kommunista rezsim retorziói miatt nem válhatott a közbeszéd tárgyává. Magyarország kommunista vezetése az erdélyi magyarok sorsának alakulását a román belpolitika ügyének tekintette, és nem is próbálta megvédeni őket a Ceausescu rezsim erőszakos beolvasztási kísérletétől (pl. falurombolás).
A rendszerváltozást követően kezdett megszerveződni az erdélyi magyar politikai élet, 1990-ben megalakult a Romániai Magyarok Demokratikus Szövetsége (RMDSZ), amely 1996-ig nem tudott eredményt elérni az erdélyi magyarság számára olyan fontos kérdésekben, mint az önálló magyar egyetem visszaállítása (a kolozsvári Bolyai Egyetemet 1959-ben vonták össze a román egyetemmel, és ezzel felszámolták a magyar nyelvű oktatást) vagy a történelmi magyar egyházak elkobzott ingatlanjainak a visszaszolgáltatása. Az RMDSZ-en belül 1993-95 között ugyan téma volt az autonómia kérdése is, de a megszülető koncepciók körül nem alakult ki konszenzus, és a 2003-ban elfogadott alapszabályzata alapján a szervezet pártosodását követően egyre inkább háttérbe szorult ez a kérdés. Miután 1996-ban az RMDSZ a román kormánykoalíció tagja lett, ez a kérdés már nem jelentett prioritást a szervezet számára, sőt nemzetközi szinteken is a román kormányok azon hazugságát erősítették, hogy a romániai magyarok problémája az ő kormányra kerülésükkel megoldódott.
Egyre jobban felerősödtek az RMDSZ-en belüli nézetkülönbségek, a Markó Béla vezette elnökség egyre nehezebben tolerálta a bíráló hangokat, megpróbálta őket háttérbe szorítani. A szövetségből kivált autonómistákból szerveződött meg 2003-ban két közképviseleti szervezet, a Székely Nemzeti Tanács ill. az Erdélyi Magyar Nemzeti Tanács, majd két politikai szervezet, a Magyar Polgári Párt és az Erdélyi Magyar Néppárt.